สมเด็จพระจักรพรรดิอะกิฮิโตะ และสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ แห่งประเทศญี่ปุ่น ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม ให้นายชิคะโอะ คะวะอิ ราชเลขาธิการในสำนักพระราชวังญี่ปุ่น เป็นผู้แทนพระองค์ เชิญข้อความแสดงความเสียพระราชหฤทัยอย่างสุดซึ้ง ต่อการเสด็จสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ไปยังพระบรมวงศานุวงศ์ รัฐบาล และประชาชนไทยทุกคน
เช่นเดียวกับเจ้าชายอะกิชิโนะและพระชายา ก็ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม ให้นางจุนโกะ โยะโกะตะ ที่ปรึกษาพิเศษประจำพระองค์ เป็นผู้แทนพระองค์ เชิญข้อความถวายความอาลัยต่อการสูญเสียครั้งนี้ด้วยเช่นกัน
ทั้งนี้ นับตั้งแต่ทราบข่าวการเสด็จสวรรคตของ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช สถานเอกอัครราชทูตไทย ประจำกรุงโตเกียว ได้เปิดให้ร่วมลงนามถวายอาลัยตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ซึ่งก็มีพสกนิกรทั้งชาวไทยและชาวญี่ปุ่น ทยอยเดินทางเข้าไปลงนามและถวายราชสักการะไม่ขาดสาย ด้วยความจงรักภักดี และน้อมสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณอย่างหาที่สุดมิได้