เมื่อวันที่ (16 ม.ค. 61) ผู้สื่อข่าวรายงานว่า รายชื่อมหาวิทยาลัยเอกชน 10 แห่ง ที่สำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษาเปิดเผยว่าเปิดหลักสูตรการเรียน การสอนไม่ได้มาตรฐานตามระเบียบที่กำหนดไว้ จะเห็นว่ามหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีมีปัญหาเรื่องหลักสูตรติดอันดับ 1 มีหลักสูตรไม่ได้มาตรฐานมากถึง 6 หลักสูตร เช่น หลักสูตรนิเทศศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยุกระจายเสียงวิทยุโทรทัศน์
โดยด็อกเตอร์สุภัทร จำปาทอง เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา เผยว่า 10 มหาวิทยาลัยเอกชนที่เปิดรายชื่อออกมา มีปัญหาเรื่องหลักสูตรที่รับนักศึกษามากเกินไป อาจารย์ผู้สอนไม่ผ่านมาตรฐานการตรวจประเมินภายใน หรือ IQA จบการศึกษาไม่ตรงตามวิชาที่สอน ขณะนี้ได้สั่งให้แก้ไขและสั่งปิดบางหลักสูตรไปแล้ว เพื่อป้องกันการได้วุฒิการศึกษาปลอม หรือ เพิ่มบุคคลากรทางการศึกษาที่ไม่ได้มาตรฐานให้กับประเทศ และช่วยนักศึกษาที่เรียนสุ่มเสี่ยงต่อการตกงาน ได้ความรู้ที่สมกับเงินที่จ่ายไป สำหรับการตรวจสอบของ สกอ. ครั้งนี้อยู่ในช่วงปี 2559 เดือนกันยายน ถึง ตุลาคม และพบว่าบางมหาวิทยาลัย แจ้งว่าสั่งปิดหลักสูตรแล้ว แต่ยังแอบเปิดสอนอยู่ จึงได้ส่งเจ้าหน้าที่ไปตรวจสอบแล้ว และแม้จะมีการปรับหลักสูตร แต่ถ้ายังไม่ได้คุณภาพจะแจ้งดำเนินคดีตามกฎหมาย