จากรณี ที่สังคมมีความเป็นห่วงถึงแนวปะการังและภูมิทัศน์ของเกาะพีพี ในอ่าวมาหยา และอ่าวรอบ ๆ เกาะพีพีเล ที่เกิดความเสียหายเนื่องจากมีเรือเข้าออกตามอ่าวในแต่ละวันจำนวนมากนั้น
วันที่ 12 มี.ค. 58 นายไชยธัช บุญภูพันธ์ตันติ หน.อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี กล่าวยอมรับว่า ปัจจุบันเกาะพีพีมีนักท่องเที่ยวเดินทางเข้ามามากกว่า 5,000 คนต่อวัน แต่การห้ามไม่ให้เข้าคงทำได้ยากเพราะเป็นอุทยานเปิด อย่างไรก็ดี ขณะนี้ได้ออกกฎห้ามนำเรือเข้าจอด โดยเมื่อส่งนักท่องเที่ยวเสร็จแล้วให้ออกไปลอยลำข้างนอก กรณีปะการังตามอ่าวเกิดความเสียหายซึ่งส่วนใหญ่เป็นปะการังน้ำตื้น มาจากหลายปัจจัยทั้งการฟอกขาวเมื่อปี 53 และจากการเดินเรือ โดยหลังจากนี้ จะหารือกับผู้ที่เกี่ยวข้อเพื่อเพิ่มการดูแล
ด้าน นายจิรศักดิ์ พุทธวรรณ ผู้นำด้านงานอนุรักษ์เกาะพีพี กล่าวว่า ปัจจุบันปะการังเสียหายแค่บางจุดเท่านั้น เช่น ที่อ่าวมาหยา อ่าวปิดะนอก -ปิดะใน และ อ่าวลิง ส่วนใหญ่มีสาเหตุจากการฟอกขาวและการเดินเรือจำนวนมากหลายเที่ยวต่อวัน แม้ทางผู้ประกอบแก้ปัญหาด้วยการผูกทุ่นแทนการทิ้งสมอ แต่ไม่ได้ช่วยแก้ไขปัญหา เพราะการเดินเรือที่ใช้ความเร็วโดยไม่มีการควบคุมจากหน่วยงานรัฐ ก็สร้างความเสียหายต่อปะการังได้เช่นกัน จึงเห็นควรให้จัดระเบียบการจราจรทางน้ำ เช่น กำหนดความเร็วบนแนวปะการัง หรือกำหนดระยะจอด ผูกทุ่น ให้ห่างจากแนวปะการัง และต้องบังคับใช้อย่างจริงจัง.