พล.อ.ณัฐพล นาคพาณิชย์ เกิดเมื่อวันที่ 13 ก.พ. ปี 2504 จบการศึกษาจากโรงเรียนเตรียมทหารรุ่นที่ 20 โรงเรียนนายร้อยพระจุลจอมเกล้า รุ่นที่ 31 (รุ่นเดียวกับพล.อ.อภิรัชต์ คงสมพงษ์ รองเลขาธิการพระราชวัง ) โรงเรียนเสนาธิการทหารบก และวิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร
พล.อ.ณัฐพล เคยรับราชการทหารเป็นผู้บังคับกองร้อยอาวุธเบา กองพันทหารราบที่ 2 กรมทหารราบที่ 31 รักษาพระองค์ เมื่อปี 2531 ต่อมาเป็นอาจารย์โรงเรียนเสนาธิการทหารบก อาจารย์วิทยาลัยการทัพบก เป็นเจ้ากรมยุทธการทหารบก
ในปี 2558 เป็นรองเสนาธิการทหารบก 2559 และหัวหน้าส่วนอำนวยการ สำนักงานเลขาธิการ คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ปี 2559
ต่อมาเป็นเสนาธิการทหารบก และเป็นรองผู้บัญชาการทหารบก พ.ศ. 2561-2563
จากนั้นโอนย้ายมาเป็นเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ พ.ศ. 2563 ระหว่างนั้นได้รับแต่งตั้งเป็นรองประธานกรรมการในคณะกรรมการเฉพาะกิจพิจารณาการผ่อนคลายการบังคับใช้มาตรการในการป้องกันและยับยั้งการแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (โควิด-19) รองหัวหน้าสำนักงานประสานงานกลาง ศูนย์บริหารสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (โควิด-19) กรรมการในคณะกรรมการนโยบายป่าไม้แห่งชาติ และกรรมการและผู้ช่วยเลขานุการคณะกรรมการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ
"บิ๊กเล็ก" มีความใกล้ชิด พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา เพราะเคยนั่งเลขาฯ สมช. ช่วงปี 2563 และยังเป็นที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี รวมทั้งเป็นผู้อำนวยการศูนย์บูรณาการแก้ไขสถานการณ์โควิด-19 ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ ศบค.ส่วนหน้า รวมทั้งสมัยยังรับราชการอยู่ที่กองทัพบก (ทบ.)
ภายหลังเกษียณอายุราชการ ได้รับแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี (พล.อ. ประยุทธ์ จันทร์โอชา) และในรัฐบาลเศษฐา ก็ได้รับแต่งตั้งเป็นเลขารัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม เพื่อช่วยประคับประคองงานของนายสุทิน คลังแสง ที่เป็นรัฐมนตรีมาจากพลเรือน
ในวันที่ 4 ก.ย.2567 พระบรมราชโองการ โปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง "ครม.แพทองธาร" ซึ่ง "ณัฐพล นาคพาณิชย์" นั่งในตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงกลาโหม