พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงห่วงใยความทุกข์ยากเดือดร้อนของราษฎรที่ขาดแคลนน้ำในการอุปโภค บริโภค และทำการเพาะปลูก จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้จัดตั้งศูนย์ฝนหลวงพิเศษขึ้นในพื้นที่ 2 จังหวัด ได้แก่ ฐานปฏิบัติการสนามบิน จ.นครสวรรค์ รับผิดชอบปฏิบัติการฝนหลวงในเขตลุ่มน้ำเจ้าพระยา และฐานปฏิบัติการสนามบิน จ.เชียงใหม่ รับผิดชอบปฏิบัติการฝนหลวงในเขตภาคเหนือ
โดยให้นายวราวุธ ขันติยานันท์ อธิบดีกรมฝนหลวงและการบินเกษตรทำหน้าที่เป็นผู้อำนวยการศูนย์ฝนหลวงพิเศษ ด้วยการดำเนินงานที่สอดคล้องและไปในทิศทางเดียวกันประโยชน์ของฝนหลวงนั้นจะเพิ่มปริมาณน้ำในเขื่อน ทั้งยังเพิ่มพื้นที่ในการทำการเกษตรและระบบผลิตน้ำประปา
พระบาทสมด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้เคยพระราชทานแนวทางการแก้ไขวิกฤตภัยแล้งเมื่อปี 2542