นั่นเป็นเหตุผลหนึ่งที่ทำให้มาร์กอสได้รับชัยชนะในการเลือกตั้งประธานาธิบดีในปี 1965 และสร้างประวัติศาสตร์เป็นประธานาธิบดีฟิลิปปินส์คนแรกที่ได้ดำรงตำแหน่งสองสมัย
แต่ภาพลักษณ์ของมาร์กอสในสายตาประชาชนก็เริ่มเปลี่ยนไป จากวีรบุรุษสงครามมาเป็นนักการเมืองผู้ทรงอิทธิพล จนนำมาซึ่งการประท้วงของกลุ่มนักศึกษาที่รุนแรงที่สุดเท่าที่เคยเกิดขึ้นในประเทศ
โดยหลังจากที่ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งผู้นำฟิลิปปินส์เป็นสมัยที่สอง มาร์กอส ก็ได้ประกาศกฏอัยการศึกในปี 1972 และรวบอำนาจมาไว้กับตัวเองจนเป็นผู้นำเผด็จการ โดยอ้างความชอบธรรมจากการต่อสู้กับกลุ่มคอมมิวนิสต์ที่เป็นปรปักษ์กับรัฐบาลของเขา
ในช่วงประกาศกฏอัยการศึกที่ยาวนานถึง 9 ปี มาร์กอส สามารถควบคุมทั้งสภา ทหาร ศาล สื่อมวลชน และธุรกิจต่างๆ และแม้จะยกเลิกกฏอัยการศึกในปี 1981 มาร์กอสก็ยังคงไว้ซึ่งอำนาจพิเศษของประธานาธิบดี ที่ไม่ต่างจากช่วงที่ประกาศกฏอัยการศึก
ธนาคารโลก เปิดเผยว่า ระหว่างปี 1972 ถึง ปี 1986 หนี้ต่างประเทศของฟิลิปปินส์เพิ่มขึ้นจาก 2,670ล้านดอลลาร์สหรัฐ เป็น 28,200ล้านดอลลาร์สหรัฐ
แต่ในขณะที่เศรษฐกิจฟิลิปปินส์กำลังพังย่อยยับ นายมาร์กอสและนางอิเมลดา ภรรยา กลับกลายเป็นคู่สามีภรรยาที่ร่ำรวยที่สุดคู่หนึ่งในโลก
อย่างไรก็ตาม ใช่ว่านายมาร์กอสเองจะอยู่รอดปลอดภัยได้ตลอดรอดฝั่ง เพราะเขาก็ถูกรุมเร้าด้วยข้อหามากมายไม่ว่าจะเป็นการใช้อำนาจโดยมิชอบ และทุจริตงบประมาณประเทศ จนทำให้นายมาร์กอส ประกาศจัดเลือกตั้งใหม่ ในปี 1986 ซึ่งเป็นการต่อสู้กันระหว่างตัวเขากับนาง กอราซอน อากีโน่ ภรรยาหม้ายของเบนิญโญ อากิโน จูเนียร์ ศัตรูทางการเมืองของมาร์กอสที่ถูกสังหารโดยมือปืนที่สนามบิน
แต่ไม่นานหลังสภาแห่งชาติฟิลิปปินส์ประกาศว่า มาร์กอส ชนะการเลือกตั้ง กองทัพฟิลิปปินส์ก็ได้ทำการปฏิวัติรัฐบาลมาร์กอส โดยมีประชาชนออกมาสนับสนุนบนท้องถนนนับแสนๆ คน
มาร์กอส ไม่มีทางเลือกนอกจากขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลสหรัฐฯ และขึ้นเครื่องบินลี้ภัยที่ฮาวายพร้อมกับภรรยา และเงินฟิลิปปินส์กว่า 28 ล้านเปโซ ซึ่งมาร์กอสก็ได้อาศัยอยู่ที่ฮาวายนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาจนกระทั่งจบชีวิตลงในปี 1989
โดยหลังจากนั้น 4 ปี ร่างของอดีตผู้นำเผด็จการคนนี้ก็ถูกส่งกลับมาเก็บไว้ในสภาพแช่เย็นที่บ้านเกิดของเขา ก่อนจะได้รับอนุญาตให้นำมาฝังที่สุสานวีรบุรุษในวันนี้ ท่ามกลางเสียงประท้วงคัดค้าน