จากการตรวจสอบพบว่าบริเวณดังกล่าวได้มีการปล่อยน้ำจากนาข้าวลงสู่แม่น้ำ จึงคาดว่าน่าจะเกิดจากการที่เกษตรกรได้มีการพ่นยาฆ่าแมลงและสารเคมีต่างๆ ในนาข้าว เมื่อฝนตกลงมาทำให้น้ำฝนชะล้างสารเคมีในนาก่อนไหลลงสู่ลำน้ำแม่ฮอม ประกอบกับบริเวณดังกล่าวได้มีผักตบชวาขึ้นปกคลุมหนาแน่นเต็มแม่น้ำ ทำให้น้ำไม่สามารถไหลเวียนได้ ประกอบกับในชุมชนเอื้ออาทรสันกำแพงเป็นชุมชนขนาดใหญ่ มีบ้านเรือนกว่า 1,800 หลังคาเรือน ได้มีการใช้น้ำและปล่อยน้ำเสียลงสู่แม่น้ำดังกล่าวโดยขาดการบำบัด นอกจากนี้ยังได้มีการลักลอบทิ้งขยะลงสู่แม่น้ำ จึงเป็นอีกหนึ่งสาเหตุที่ทำให้เกิดน้ำเน่าเสีย
เบื้องต้นได้มีการประสานงานกับทางเทศบาลต้นเปา ให้เข้ามาแก้ไขปัญหาเพื่อบรรเทาความเดือดร้อนของชาวบ้านแล้ว