หลังเข้ารับตำแหน่งได้เพียง 7 วัน ทรัมป์ได้ใช้อำนาจฝ่ายบริหารลงนามคำสั่งงดรับผู้ลี้ภัยเข้าประเทศ และห้ามพลเมืองจาก 7 ประเทศมุสลิม ได้แก่ อิรัก อิหร่าน ลิเบีย โซมาเลีย ซูดาน ซีเรีย และเยเมน เดินทางเข้าสหรัฐฯเป็นเวลา 90 วัน โดยทรัมป์ยืนยันว่า มาตรการนี้ไม่ใช่การแบนมุสลิม เป็นเพียงการปกป้องสหรัฐให้ปลอดภัยจากผู้ก่อการร้ายเท่านั้น
ทันทีที่คำสั่งดังกล่าวมีผลบังคับใช้ ก็เกิดความโกลาหลและสับสนวุ่นวายตามสนามบินต่างๆ ทั่วสหรัฐ มีผู้โดยสารและผู้ลี้ภัยถูกกักตัวเพื่อเตรียมส่งกลับประเทศเป็นจำนวนมาก แม้กระทั่งพลเมือง 7 ชาติมุสลิม ที่ถือกรีนการ์ด หรือบัตรประจำตัวผู้มีถิ่นที่อยู่ถาวรอย่างถูกกฎหมายในสหรัฐฯ ก็พลอยได้รับผลกระทบไปด้วย คำสั่งนี้ทำให้ทรัมป์ถูกต่อต้านอย่างหนักจากนานาประเทศ โดยเฉพาะอิรัก และอิหร่าน ที่ได้รับผลกระทบโดยตรง อิรักบอกว่าจะตอบโต้ด้วยมาตรการที่เท่าเทียมกัน ส่วนอิหร่านยืนยันจะตอบโต้เช่นกัน แต่คงไม่ใช้วิธีแบนสหรัฐกลับ
ขณะที่กระแสคัดค้านในประเทศก็แรงไม่แพ้กัน มีชาวอเมริกันจำนวนมาก ออกมารวมตัวประท้วง เพื่อเรียกร้องให้ปล่อยตัวผู้ลี้ภัยที่เดินทางเข้ามาอย่างถูกต้อง ส่วนการต่อสู้ในทางกฎหมาย อัยการจาก 4 มลรัฐ คือ นิวยอร์ก แมสซาชูเซตส์ เวอร์จิเนีย และวอชิงตัน ได้ยื่นฟ้องทรัมป์เพื่อให้มีการยกเลิกคำสั่งนี้ ซึ่งเรื่องราวได้บานปลายกลายเป็นศึกงัดข้อระหว่างฝ่ายบริหารและตุลาการ สุดท้าย คำสั่งดังกล่าวก็ถูกศาลสั่งระงับเป็นการชั่วคราว
1 เดือนให้หลัง ทรัมป์ลงนามคำสั่งจำกัดการเดินทางเข้าสหรัฐฉบับใหม่ โดยมีการแก้ไขถ้อยคำจากฉบับแรกเพื่อไม่ให้ดูเป็นคำสั่งที่เลือกปฏิบัติ และตัดประเทศ “อิรัก” ออกจากรายชื่อ 7 ประเทศที่ประกาศไปก่อนหน้านี้
คำสั่งใหม่นี้ไม่ได้มีผลกระทบต่อผู้ที่ถือกรีนการ์ด และไม่ได้มีผลบังคับใช้ทันทีเหมือนคำสั่งฉบับแรก เพื่อป้องกันความสับสนวุ่นวายที่อาจเกิดขึ้น อย่างไรก็ตาม ยังไม่ทันที่คำสั่งจะมีผลบังคับใช้ ก็ถูกศาลสั่งระงับอีกเช่นเคย
จากนั้นไม่นาน ทรัมป์ก็คลอดคำสั่งใหม่ สั่งห้ามผู้โดยสารจากสายการบินในตะวันออกกลาง และแอฟริกา พกพาอุปกรณ์อิเลกทรอนิกส์ที่มีขนาดใหญ่กว่าโทรศัพท์มือถือขึ้นเครื่องเข้าสหรัฐ โดยให้เหตุผลเรื่องความมั่นคง เนื่องจากมีข้อมูลว่า กลุ่มก่อการร้ายเคยพยายามลักลอบนำระเบิดขึ้นเครื่อง โดยซุกซ่อนไว้ในอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์เหล่านี้ ซึ่งต่อมา รัฐบาลอังกฤษก็ออกมาประกาศใช้มาตรการแบบเดียวกัน
บรรดาสายการบินที่ได้รับผลกระทบต่างก็รับลูก และพยายามหาวิธีอำนวยความสะดวกให้ผู้โดยสารของตนเองให้ได้มากที่สุด เช่น สายการบินเอมิเรตส์ ของสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ ที่มีการให้บริการยืมแท็บเล็ต และแล็ปท็อป สำหรับผู้โดยสารระดับพรีเมี่ยม
ขณะที่หลายฝ่ายตั้งข้อสังเกตว่า มาตรการนี้แท้จริงแล้วอาจเป็นความพยายามในการลดศักยภาพด้านการแข่งขันของสายการบินที่เป็นคู่แข่งกับสายการบินในสหรัฐ โดยเฉพาะสายการบินเอมิเรตส์ สายการบินเอทิฮัด แอร์เวย์ส และกาตาร์ แอร์เวย์ส ที่อาจจะสูญเสียลูกค้าในชั้นธุรกิจและชั้นหนึ่ง ซึ่งต้องการความสะดวกสบายในการทำงานระหว่างการเดินทาง และในที่สุดลูกค้าอาจจะหันมาใช้บริการของสายการบินสหรัฐ ที่ไม่ได้รับผลกระทบจากคำสั่งห้ามครั้งนี้แทน ซึ่งสอดคล้องกับท่าทีล่าสุดของสายการบินเอมิเรตส์ ที่ประกาศจะปรับลดเที่ยวบินไปยัง 5 เมืองในสหรัฐ ภายในเดือนนี้ โดยให้เหตุผลว่าคำสั่งแบนของทรัมป์ทำให้ยอดจองตั๋วลดลงเกือบ 1 ใน 3