ผลจับสลากประกบคู่ของ ไทยลีก 3 รอบ "แชมเปียนส์ ลีก" และรอบ "ชิงชนะเลิศ" ซึ่งจะแข่งระหว่างวันที่ 19 เมษายน - 22 มิถุนายน 2568 โดยจะมี 3 กลุ่ม กลุ่ม A โซนเหนือ และ โซนกลาง / กลุ่ม B โซนตะวันออกเฉียงเหนือ และ โซนตะวันออก และ กลุ่ม C โซนตะวันตก และ โซนใต้ โดยแข่งระบบเหย้า-เยือน โดยแต่ละทีมจะได้แข่ง 6 นัด แชมป์ของแต่ละกลุ่มจะได้เข้ารอบรองชนะเลิศ และมีอันดับ 2 ที่ดีที่สุด 1 ทีมจาก 3 กลุ่ม เป็นอีกทีมที่จะได้โควตาเข้ารอบรองชนะเลิศ
ในรอบรองชนะเลิศ ผู้ชนะในรอบรองชนะเลิศจะได้ตั๋วเลื่อนชั้นสู่ ไทยลีก 2 โดยอัตโนมัติ
ส่วนอีก 1 ทีมจะหาผู้ชนะจากคู่ชิงอันดับ 3 คว้าโควตาทีมสุดท้ายกับการเลื่อนชั้นสู่ไทยลีก 2
ผลจับสลากประกบคู่ของ ไทยลีก 3
รอบแชมเปียนส์ ลีก และรอบชิงชนะเลิศ
โซนเหนือ และ โซนกลาง อยู่ในกลุ่ม A
A 1 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยนอร์ทกรุงเทพ
A 2 สโมสรลพบุรี ซิตี้
A 3 สโมสร เขลางค์ ยูไนเต็ด
A 4 สโมสรแม่โจ้ ยูไนเต็ด
โซนตะวันออกเฉียงเหนือ และ โซนตะวันออก อยู่ในกลุ่ม B
B 1 สโมสรฟุตบอลกองเรือรบ
B 2 สโมสรฟุตบอลราชนาวี
B 3 สโมสรขอนแก่น เอฟซี
B 4 สโมสร ราษีไศล ยูไนเต็ด
โซนตะวันตก และ โซนใต้ อยู่ในกลุ่ม C
C 1 สโมสรธนบุรี ยูไนเต็ด
C 2 สโมสรสมุทรสาคร ซิตี้
C 3 สโมสรปัตตานี เอฟซี
C 4 สโมสรสงขลา เอฟซี