วารสารด้านปักษีวิทยา ออสทริช : เจอร์นัล ออฟ แอฟริกัน ออร์นิโทโลจี (Ostrich: Journal of African Ornithology) ได้เผยแพร่งานวิจัยที่พบว่าเพนกวินแอฟริกาใน 2 พื้นที่อาศัยสำคัญคือเกาะแดสเซน (Dassen)และเกาะรอบเบน(Robben)ในประเทศแอฟริกาใต้ได้ล้มตายลงไปถึง95 เปอร์เซ็นต์หรือมากกว่า 60,000 ตัว
โดยเพนกวินพ่อพันธุ์แม่พันธุ์จำนวนมากอาจเผชิญกับสภาวะขากแคลนอาหารระหว่างช่วงเวลาผลัดขนที่กินระยะเวลา 21 วัน ทำให้เพนกวินแอฟริกาอยู่ได้เฉพาะบนบกเท่านั้น
ดังนั้น เพื่อเอาชีวิตรอดเพนกวินเหล่านี้จึงต้องสะสมไขมันในร่างกายไว้ล่วงหน้า แต่หากหาอาหารได้ไม่พอก่อนช่วงเวลาการผลัดขน พวกมันจะไม่มีสารอาหารสำรองเพียงพอที่จะเอาชีวิตรอดในห้วงเวลาดังกล่าว
นักวิทยาศาสตร์เชื่อว่าสาเหตุหลักเป็นเพราะประชากรปลาซาร์ดีนแปซิฟิกที่มีจำนวนลดลงเกือบทุกปีจนกระทั่งมีจำนวนเหลือเพียง 25เปอร์เซ็นต์ เมื่อเทียบกับช่วงเวลาที่ชายฝั่งด้านตะวันตกของประเทศแอฟริกาใต้มีปลาชนิดนี้อาศัยอยู่อย่างชุกชุมที่สุด
โดยปลาซาร์ดีนแปซิฟิกนับเป็นแหล่งอาหารสำคัญของเพนกวินแอฟริกา แต่การเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิและะความเค็มของน้ำทะเลทางชายฝั่งด้านตะวันตกของแอฟริกาใต้ทำให้ปลาชนิดนี้ขยายพันธุ์ได้น้อยลง สวนทางกับการจับปลาที่ยังมีปริมาณมากในบริเวณนี้
นอกจากนี้ ผู้เชี่ยวชาญด้านระบบนิเวศเตือนว่าสถานการณ์เพนกวินแอฟริกาบนเกาะแดสเซน และเกาะรอบเบน สามารถสะท้อนแนวโน้มประชากรเพนกวินในแหล่งที่อยู่อาศัยอื่นด้วย
ทั้งนี้ในปี 2024 เพนกวินแอฟริกาได้ถูกขึ้นบัญชีเป็นสัตว์ใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง โดยประชากรพ่อพันธุ์แม่พันธุ์มีจำนวนเหลือเพียง 10,000 คู่เท่านั้น