โดยปมแรก น่าจะเป็นเรื่อง ความขัดแย้งในการโยกย้ายข้าราชการกระทรวงการคลัง กับนายสันติ พร้อมพัฒน์ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการคลัง ที่ตั้งแต่ในสัปดาห์ที่ผ่านมา การเสนอชื่อที่ไม่ตรงกันในตำแหน่งอธิบดีกรมสรรพสามิต โดยนายปรีดีต้องการเสนอชื่อของนายลวรณ แสงสนิท ผู้อำนวยการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง (สศค.) แต่นายสันติ ต้องการผลักดันนายประภาศ คงเอียด ผู้อำนวยการสำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ (สคร.) ทำให้นายกรัฐมนตรีได้สั่งการในที่ประชุม ครม. ว่าให้กระทรวงการคลังกลับไปทำเรื่องเสนอ ครม. ใหม่อีกครั้ง จึงทำให้นายปรีดี รู้สึกว่าไม่ได้รับการสนับสนุนจากนายกรัฐมนตรีเท่าที่ควร แต่ล่าสุดการประชุม ครม.วันที่ 1 กันยายน ยังยืนยันและไฟเขียวให้การแต่งตั้งอธิบดีกรมศุลกากรและกรมสรรพสามิต เป็นไปตามเดิม
นอกจากนี้ ยังมีกระแสข่าวว่า ถูกฝ่ายการเมืองเข้ามากดดันอย่างมาก ซึ่งมีรายงานว่าส.ส.ที่เป็นกรรมาธิการ(กมธ.) วิสามัญพิจารณาร่างพ.ร.บ.งบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ 2564 จำนวนหนึ่ง พยายามติดต่อขอเข้าพบนายปรีดี หลายหนกลับถูกนายปรีดีปฏิเสธมาตลอด ยิ่งทำให้ฝ่ายการเมือง ไม่พอใจนายปรีดี ซึ่งเป็นที่รู้กันในครม.ว่านายปรีดี ไม่ต้องการให้ฝ่ายการเมืองเข้ามากดดันการทำงานของตัวเอง
ปมที่สอง เรื่องการต่อสัญญาสัมปทานรถไฟฟ้าสายสีเขียว ที่ก่อนหน้านี้เคยมีปัญหากับกระทรวงมหาดไทยในการนำข้อเสนอเรื่องต่อสัญญาสัมปทานรถไฟฟ้าสายสีเขียวที่มหาดไทยเสนอให้ ครม. พิจารณาแล้ว แต่นายปรีดีขอนำเรื่องดังกล่าวกลับไปศึกษาก่อน
ปมที่สาม การเตรียมรื้อบอร์ดรัฐวิสาหกิจเพื่อเพิ่มความโปร่งใส เพราะในด้านการทำงานของนายปรีดี ต้องการเข้ามาปรับเปลี่ยนการทำงานภายในกระทรวงการคลังให้โปร่งใสมากขึ้น ทั้งเรื่องการรื้อกระบวนจัดซื้อจัดจ้าง ในโครงการต่าง ๆ การเสนอปรับเปลี่ยนแต่งตั้งคณะกรรมการรัฐวิสาหกิจ ขณะที่การดำเนินการดังกล่าวนั้นเป็นเรื่องที่ไม่สามารถทำได้อย่างตั้งใจ ทำให้อาจเป็นหนึ่งในสาเหตุของการลาออกครั้งนี้
"สันติ”พร้อมนั่ง รมว.คลัง ชมตัวเอง มีประสบการณ์สูง
ด้าน ผู้ช่วยศาสตราจารย์วันวิชิต บุญโปร่ง อาจารย์ประจำภาควิชารัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยรังสิต มองว่า การลาออกของนายปรีดี มีปัจจัยสำคัญจากปัญหาการโยกย้ายตำแหน่งภายใน โดยเฉพาะ ตำแหน่งระดับอธิบดีกรมต่าง ๆ ที่นายปรีดี ไม่สามารถแต่งตั้งคนที่มีความรู้ความสามารถได้ด้วยตัวเอง เพราะอาจถูกคนที่อยู่มาก่อน สอดไส้เอารายชื่อพรรคพวกตัวเองไปนั่งตำแหน่งอธิบดีกรมต่าง ๆ ซึ่งถือเป็นเรื่องที่ไม่ได้รับการให้เกียรติและทำงานท่ามกลางความลำบากใจ แม้จะอยู่ในตำแหน่งเจ้ากระทรวง แต่ไม่มีอำนาจตัดสินใจด้วยตัวเอง ขณะเดียวกันพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ไม่สามารถตอบสนองความต้องการ หรือให้อำนาจเป็นอิสระในการบริหารงานของนายปรีดีได้
ทั้งนี้ผู้ช่วยศาสตราจารย์วันวิชิต ไม่เชื่อว่า นายปรีดีลาออกจากปัญหาสุขภาพ เพราะหากมีปัญหาสุขภาพจริง ก็ต้องแจ้งไม่ประสงค์รับตำแหน่งตั้งแต่แรก แต่เชื่อว่าการอ้างแบบนี้จะไม่ถูกขยายเป็นประเด็นอื่น
อย่างไรก็ตาม ขณะนี้มีการคาดการณ์จากหลายฝ่ายถึงผู้ที่จะมีดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง เช่น นายวิรไท สันติประภพ ผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศ, นายประสาร ไตรรัตน์วรกุล อดีตผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศไทย, อดีตเลขาธิการ ก.ล.ต. และยังเคยดำรงตำแหน่งประธานสมาคมธนาคารไทย, นายบุญทักษ์ หวังเจริญ เป็นผู้ที่มีความรู้และประสบการณ์ในการบริหารจัดการธุรกิจธนาคารพาณิชย์มาอย่างยาวนาน โดยเคยดำรงตำแหน่งประธานเจ้าหน้าที่บริหาร ธนาคารทหารไทย จำกัด (มหาชน) รวมทั้งยังเคยดำรงตำแหน่งประธานสมาคมธนาคารไทย และยังมีชื่อ นายกรณ์ จาติกวณิช ที่ปัจจุบันเป็นหัวหน้า พรรคกล้า และอดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง นอกจากนี้ ยังมีนายไพรินทร์ ชูโชติถาวร อดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม และอดีตประธานเจ้าหน้าที่บริหารและกรรมการผู้จัดการใหญ่ บริษัท ปตท. ที่ล่าสุดออกมาเลี่ยงตอบ ว่าเป็นแคนดิเดต "รมว.คลัง" คนใหม่ ยันไม่เคยได้ยินข่าว