โดยเฉพาะเมื่อมีคำทักท้วงจากนักนักวิชาการ ด้านโบราณคดีและมานุษยวิทยาชื่อดังว่พญานาคที่นำมาใช้อาจลอกมาจากแม่น้ำโขงหรืออินเดียหรือไม่ และไม่ได้สะท้อนถึงประวัติศาสตร์ของลุ่มน้ำเจ้าพระยา ซึ่งล่าสุดโฆษกโครงการพัฒนาริมฝั่งแม้น้ำเจ้าพระยา ได้ออกมาตอบโต้ประเด็นดังกล่าว
“พญานาคตามแบบวิมานพระอินทร์ ไม่มีความหมายต่อลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาเท่ากับจระเข้ ที่ตามประวัติศาสตร์เคยมีเรื่องราวไว้ว่า สัตว์ที่เป็นสัญญลักษณ์ลุ่มน้ำเจ้าพระยา คือ จระเข้ ชื่อ ท้าวพันตา กับพญาพันวัง ที่เคยล่องน้ำขึ้นไปสู้กับปูของชาลาวันแถวพิจิตร” คือเรื่องราวที่ ศาสตร์พิเศษศรีศักร วัลลิโภดม นำมาบอกเล่าในการปาฐกถาพิเศษงาน ผู้คน ชุมชน เจ้าพระยา เมื่อสุดสัปดาห์ที่ผ่านมา และยังบอกว่าแลนด์มาร์คของเจ้าพระยาไม่ควรเป็นอื่น นอกจากพระบรมธาตุที่เป็นศูนย์กลางและมีชุมชนล้อมรอบ จึงสันนิษฐานว่า พญานาค ตามแบบที่เผยแพร่ อาจจะลอกมาจากแม่น้ำโขงหรืออินเดีย
ต่อประเด็นนี้ นางอันธิกา สวัสดิ์ศรี โฆษกโครงการชี้แจงว่า การออกแบบไม่ได้ละเลยประวัติศาสตร์ และมีทีมที่ศึกษาด้านนี้โดยเฉพาะ จนกระทั่งได้ข้อมูลว่าพญานาค มีความเชื่อมโยงกับแม่น้ำและกรุงรัตนโกสินทร์ แต่หากใครมีข้อเสนอแนะเพิ่มเติมก็สามารถส่งไปยังกรุงเทพมหานคร ในฐานะเจ้าของโครงการได้
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ตามกำหนดวันนี้ สจล. จะต้องส่งข้อสรุปศึกษาออกแบบงวดสุดท้าย มีรายละเอียดทั้งหมดของโครงการให้ กทม. ตรวจรับ ประกอบไปด้วย แผนผังแม่บทโครงการความยาว 57 กิโลเมตร พื้นที่ศึกษาอย่างละเอียด 14 กิโลเมตร รายงานผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม และข้อมูลการมีส่วนร่วมของประชาชน ซึ่งคาดว่าเร็วๆ นี้อาจมีการจัดแถลงข่าวเพื่อสรุปข้อมูลอีกครั้ง