ตลอดเส้นทางแม่น้ำโขง 86 กิโลเมตรในจังหวัดเชียงราย ถือเป็นเขตแดนกันระหว่างประเทศไทย และ สปป.ลาว โดยใช้ร่องน้ำลึกตามโขดหินต่างๆ เป็นเส้นแบ่งเขตแดน ภาคประชาชน มองว่าหากมีการระเบิดแก่งตามมติคณะรัฐตรี ที่เห็นชอบให้เปิดร่องน้ำลึกในแม่น้ำโขง ตามแผนพัฒนาการเดินเรือระหว่างประเทศในแม่น้ำโขง จะทำให้เส้นแบ่งเขตแดนเปลี่ยนไปและไทยอาจสูญเสียดินแดน
เพียรพร ดีเทศน์ ผู้ประสานงานรณรงค์แห่งประเทศไทย องค์กรแม่น้ำนานาชาติ ระบุว่านอกจากประเด็นเส้นแบ่งเขตแดนแล้ว การระเบิดแก่งจะส่งผลกระทบต่อระบบนิเวศ โดยเฉพาะพันธ์ปลาที่มีมากกว่า 1,000 ชนิดในแม่น้ำโขง อาจต้องสูญพันธ์ และจะส่งกระทบต่อวิถีชีวิตชาวบ้านริมแม่น้ำโขง ที่มีอาชีพจับสัตว์น้ำเป็นหลัก ก่อนหน้านี้ตัวแทนชาวอำเภอเชียงของ จังหวัดเชียงราย ยื่นหนังสือถึงคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ เพื่อคัดค้านมติคณะรัฐมนตรี
ขณะที่ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ระบุว่ายังไม่ขอทบทวนมติคณะรัฐมนตรีกรณีที่ประชาชนยื่นคัดค้าน เนื่องจากระยะของโครงการใช้เวลาหลายปี ก่อนจะเริ่มดำเนินการ หลังจากนี้กำลังอยู่ระหว่างการปรึกษาประเทศกลุ่มลุ่มแม่น้ำโขง
ด้าน นางเตือนใจ ดีเทศน์ กรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ที่รับเรื่องร้องเรียนจากประชาชนในจังหวัดเชียงราย มองว่า มติคณะรัฐมนตรีดังกล่าว ไม่ได้รับฟังความเห็น และไม่ให้ข้อมูลข่าวสารประชาชน โดยเฉพาะชาวเชียงของที่จะได้รับผลกระทบโดยตรง ถือเป็นการละเมิดสิทธิชุมชน และไม่เปิดโอกาสให้ประชาชนมีส่วนร่วม ซึ่งจะนำเรื่องนี้เสนอต่อคณะรัฐมนตรี เพื่อให้พิจารณายกเลิกโครงการ