โดยในพิพิธภัณฑ์นอกจากการแสดงประวัติของศิริราชและการแพทย์แผนไทย การเรียนการสอนแพทย์ การแสดงกายวิภาค พิพิธภัณฑ์ ยังนำเสนอเรื่องราวทางประวัติศาตร์จากพื้นที่ตั้ง เนื่องจากมีความสำคัญตั้งแต่สมัยอยุธยา และยังเคยเป็นที่ตั้งของสถานีรถไฟธนบุรี โดยได้นำหลักฐานทางโบราณคดีที่ถูกขุดค้นพบมาแสดงด้วย หนึ่งในนั้นคือเรือโบราณที่ยาว 24 เมตร โดยสันนิษฐานว่าเป็นเรือขนส่งสินค้าในอดีต
พลิกโฉม “มิวเซียมสยาม” ปั้นพิพิธภัณฑ์ไทยสู่อาเซียน
พิสูจน์ทองแท้อยุธยาแบบวิทยาศาสตร์ พิพิธภัณฑ์ฯเจ้าสามพระยา
ชัยยศ เจริญสันติพงศ์ นักวิขาการศึกษาหน่วยพิพิธภัณฑ์ศิริราช ระบุว่า อายุของเรือได้วิเคราะห์ว่าจากสองประการคือ 1.ตำแหน่งที่พบเรือ โดยเอาภาพถ่ายทางอากาศไปเทียบกับแผนที่ กทม. ปี 2439 ปรากฏว่าตำแหน่งที่พบเรืออยู่ใกล้อู่ต่อเรือของสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ ซึ่งตอนที่เรายกเรือมาก็มีไม้คานด้วย อาจจะรอการซ่อม และ 2 คือการที่พบมีแผ่นโลหะบุที่ท้องเรือ และมีตราประทับของบริษัท ที่ชื่อ “มุนท์ เมทัล” คนที่คิดค้นโลหะชนิดนี้คือ จอร์จ เฟเดอเริก มุนท์ เป็นช่วงผสมโลหะเมืองเบอร์มิงแฮม จดสิทธิบัตรและนำมาขายตรงกับยุครัชกาลที่ 3 ของเรา เป็นไปได้ว่าเรือลำนี้ถูกใช้งานในช่วงรัชกาลที่ 3 – รัชกาลที่ 4
นอกจากนี้พิพิธภัณฑ์ ยังะท้อนความเป็นอยู่ของผู้ที่อยู่บริเวณคลองบางกอกน้อย โดยพิพิธภัณฑ์เปิดระหว่าง 10.00 น. – 17.00 น.โดยจะหยุดทุกวันอังคาร และวันนักขัตฤกษ์ โดยค่าเช้าชมสำหรับเด็ก 20 บาท และผู้ใหญ่ 80 บาท