กระแสวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางในกลุ่มนักวิชาการศึกษา ทำให้ พลเอกดาวพงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ต้องออกมาชี้แจงกรณีให้ คสช. ใช้มาตรา 44 ขับเคลื่อนปฏิรูปการศึกษาและการบริหารราชการ ของกระทรวงศึกษาธิการ
พลเอกดาวพงษ์ ยอมรับว่า การใช้มาตรการดังกล่าว เกิดจากปัญหาการแต่งตั้งโยกย้ายข้าราชการในอนุกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา หรือ “อ.ก.ค.ศ.” เช่น การทุจริตสอบครูผู้ช่วย และมีเหตุผล 4 ข้อ คือ เพื่อให้กระทรวงศึกษาธิการ บูรณาการตรวจสอบการบริหารการศึกษาได้ง่าย ลดสายการบังคับบัญชาเพื่อให้สั้นลง ซึ่งจะทำให้มีเอกภาพจัดในการจัดการศึกษามากขึ้น และจะช่วยเพิ่มความคล่องตัวในการบริหารงานบุคคล เช่น การบรรจุครูใหม่
ผลจากคำสั่งนี้ จะมีการตั้งคณะกรรมการขับเคลื่อนปฏิรูปการศึกษา โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาเป็นประธาน มีอำนาจการแต่งตั้ง โอนย้าย ผู้บริหารสถานศึกษาที่มีปัญหาในอดีตได้ทันที โดยจะใช้คำสั่งวางรากฐานโครงสร้างการศึกษา ทดลองใช้ในรัฐบาลชุดนี้ หากมีประสิทธิภาพจะจัดเป็นโครงสร้างระยะยาว
ส่วนการให้อำนาจผู้ว่าราชการจังหวัด เป็นผู้บริหารขับเคลื่อนนโยบายการศึกษาทุกๆจังหวัด รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เชื่อว่าผู้ว่าราชการจังหวัดทุกคน มีความรู้ความสามารถด้านการศึกษา และได้บูรณาการร่วมกับกระทรวงมหาดไทย ที่มีอำนาจดูแลหน่วยงานต่างๆ ในพื้นที่รับผิดชอบ พร้อมตอบโต้เสียงวิจารณ์ว่า คำสั่งนี้จะไม่ทำให้การปฏิรูปการศึกษาถอยหลังกลับไปในอดีต แต่พร้อมรับฟังความคิดเห็นจากทุกฝ่ายเพื่อนำมาปรับเปลี่ยนให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น
นายอรรถพล อนันตวรสกุล อาจารย์ประจำคณะครุศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย วิเคราะห์ สาเหตุที่ คสช. ใช้อำนาจตาม ม.44 ปฏิรูปการศึกษาในระดับภูมิภาค โดยมองว่า คสช. ต้องการแก้ไขปัญหาการโยกย้ายข้าราชการไม่เป็นธรรมในระดับท้องถิ่น โดยรวมอำนาจการบริหารกลับไปอยู่ที่จังหวัด ตั้งสำนักงานศึกษาจังหวัด และให้อำนาจการผู้ว่าราชการจังหวัด หรือรองผู้ว่าราชการจังหวัด เป็นผู้มีอำนาจสูงสุดในการบริหารจัดการบุคลากรทางการศึกษาทั้งจังหวัด
ทว่าแนวทางนี้อาจทำให้เกิดปัญหาตามมาหลายส่วน โดยเฉพาะการบริหารงานโรงเรียนในระดับท้องถิ่น เพราะที่ผ่านมาแนวทางการตั้งเขตพื้นที่การศึกษา เพื่อต้องการกระจายอำนาจบริหารออกไปยังท้องถิ่น โดยแต่งตั้งให้ อ.ค.ก.ศ. เป็นคณะทำงาน ในชุดทำงานนี้ ซึ่งทำให้บุคลากรทางการศึกษาท้องถิ่น สามารถร่วมกันวิเคราะห์ปัญหาทางการศึกษาในพื้นที่ แต่คณะทำงานรูปแบบใหม่จะมีตัวแทนจากท้องถิ่นจังหวัดละ 2 คนเท่านั้น อาจส่งผลให้การแก้ไขปัญหาในพื้นที่ล่าช้า และเข้าไม่ถึงปัญหาที่แท้จริง
ทั้งนี้ นายอรรถพล กังวลว่า วิธีการที่ คสช.ใช้เพื่อแก้ปัญหานี้ จะทำให้โครงสร้างทางการศึกษากลับไปเหมือนกับการบริหารงานการศึกษารูปแบบเดิม ที่รวมอำนาจไว้ที่จังหวัดเมื่อ 17 ปีก่อน ก่อนมี พ.ร.บ.การศึกษาแห่งชาติ ปี 2542
ส่วนปัญหาการทุจริตโยกย้ายข้าราชการไม่เป็นธรรมนั้น นักวิชาการมองว่าอาจทำให้เกิดปัญหาทุจริตระดับจังหวัดเกิดขึ้น เพราะอำนาจการโยกย้ายข้าราชการทางการศึกษา อำนาจเบ็ดเสร็จจะอยู่ที่ ผู้ว่าราชการจังหวัด หรือ รองผู้ว่าราชการจังหวัดในฐานะ ประธานกรรมการศึกษาที่การจังหวัด แนวทางทางการจัดการปัญหานี้ในอนาคต กระทรวงศึกษาต้องวางรูปแบบการทำงานให้ชัดเจน และที่ต้องให้บุคลากรทางการศึกษาระดับท้องถิ่นมีส่วนร่วมเช่นเดิม
เช่นเดียวกับ ผศ.อดิศร เนาวนนท์ คณบดีบัณฑิตวิทยาลัย ม.ราชภัฏนครราชสีมา อดีตประธาน อ.ก.ค.ศ. เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครราชสีมาเขต 7 ที่มองว่าคำสั่งดังกล่าวของ คสช. เป็นการย้อนกลับไปสู่การบริหารจัดการศึกษาเมื่อ 40 ปีที่แล้ว และอาจมีผลต่อกรรมการเขตพื้นที่การศึกษา และ อ.ก.ค.ศ. ทั่วประเทศ ในทางปฏิบัติหากรัฐบาลต้องการปฏิรูปการศึกษาจริง ต้องเปลี่ยนแปลงในระดับโรงเรียน โดยให้ครูและผู้บริหารมีอิสระการจัดการบริหาร ไม่ยึดติดตำแหน่งหรือตัวบุคคลที่มาจากระบบราชการมากเกินไป และเพิ่มสัดส่วนของภาคประชาสังคม
ไม่ต่างกับอดีตผู้บริหารโรงเรียนในจังหวัดยะลา ที่บอกว่าคำสั่งนี้มีข้อเสียตรงที่ผู้ดำรงตำแหน่งในเขตพื้นที่ จะมีศักยภาพและคุณภาพหรือไม่ กระบวนการคัดเลือกบุคคลากรจึงถือเป็นสิ่งสำคัญ โดยต้องมาจากผู้มีความรู้ความสามารถ ไม่ใช่ระบบเส้นสาย เพราะจะไม่สามารถพัฒนาระบบการศึกษาได้จริง ส่วนข้อดีการมีผู้บริหารเพียงคนเดียว จะทำให้สามารถสั่งการไปยังทุกหน่วยงาน ให้ทำงานได้รวดเร็วและเป็นไปในทิศทางเดียวกันมากขึ้น ส่วนข้อเสียอยู่ที่ผู้ดำรงตำแหน่งในเขตพื้นที่ว่าจะมีศักยภาพ และคุณภาพหรือไม่ ดังนั้น การคัดเลือกบุคคลากรเป็นสิ่งสำคัญ ที่ต้องมาจากผู้มีความรู้ ความสามารถ ไม่ใช่ระบบเส้นสาย เพราะจะไม่สามารถพัฒนาระบบการศึกษาได้จริง.