แม้จะคืบหน้าไปมาก และการเก็บผักตบชวาได้เกินเป้าหมายที่กำหนด แต่นี่ไม่ใช่วิธีเก็บผักตบชวาในแบบปกติ กว่า 3 กิโลเมตรที่ปกคลุมผิวน้ำเหนือเขื่อนเจ้าพระยา คือผักตบชวาที่น้ำหนักรวมกว่า 50,000 ตัน ถือเป็นจำนวนที่หน่วยงานหลักไม่อาจกำจัดได้เพียงลำพัง
ไม่ใช่แค่ชลประทานและการท่าเรือที่รับผิดชอบกำจัดผักตบชวาที่ไหลผ่านแม่น้ำเจ้าพระยา เพราะหน่วยงานท้องถิ่นอย่างองค์การบริหารส่วนตำบล ก็ต้องกำจัดผักตบชวาที่ไหลผ่านพื้นที่ รับผิดชอบ แม้กฏหมายไม่ได้กำหนดอำนาจหน้าที่ชัดเจน แต่ท้องถิ่นสามารถเบิกงบประมาณส่วนนี้ได้
เครื่องมือกำจัดผักตบชวา พื้นทีกำจัด และเจ้าหน้าที่กว่าร้อยชีวิต ยิ่งมีจำนวนมากเท่าไหร่ นั่นหมายถึงงบประมาณที่จะบานปลาย คือปัจจัยที่ทำให้ท้องถิ่นไม่กล้าเบิกงบประมาณสำหรับกำจัดผักตบชวา เพราะนอกจากกฏหมายไม่ได้ระบุอำนาจให้กำจัดผักตบชวาแล้ว ก็เสี่ยงถูกสำนักงานตรวจเงินแผ่นดินตรวจสอบการทุจริตได้
ก่อนหน้านี้การกำจัดผักตบชวากำหนดให้พื้นที่ที่มีปัญหามีหน้าที่รับผิดชอบโดยตรง ตามพระราชบัญญัติสำหรับกำจัดผักตบชวา พศ.2456 แต่ก็ถูกยกเลิกไป มาตรการที่ไม่ชัดเจน และการกำหนดอำนาจหน้าที่ของท้องถิ่นที่ไม่ครอบคลุม ยังเป็นปัญหาสำคัญในการกำจัดผักตบชวา ที่นับวันยิ่งขยายพันธ์อย่างรวดเร็ว
