จากกรณี สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส ทรงเป็นประธานในพิธีการจัดงานรำลึก วันครบรอบ 100 ปีเหตุการณ์สังหารหมู่ชาวอาร์เมเนียน ภายใต้การปกครองของจักรวรรดิออตโตมัน วานนี้ (12 เม.ย.58) ทรงตรัสเรียกเหตุการณ์นี้ว่าเป็นการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ เป็นเหตุให้ผู้นำตุรกีออกโรงประท้วง จนกลายเป็นขัดแย้งใหม่นั้น
วันที่ 13 เม.ย. 58 นายอาห์เหม็ด ดาวูโตกลู ประธานาธิบดีตุรกี กล่าวตำหนิเหตุการณ์ดังกล่าวว่า สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิสทรงเข้าพระทัยผิด และทรงมีข้อมูลไม่เพียงพอเกี่ยวกับเหตุการณ์สังหารหมู่ชาวอาร์เมเนียน ทำให้พระองค์ตรัสอย่างไม่เป็นกลางและไม่ถูกกาลเทศะ
โดยประเทศตุรกีได้เรียกเอกอัครราชทูตนครวาติกัน ประจำกรุงแองการา มารับฟังการอธิบายถึงถ้อยแถลงดังกล่าว และเรียกตัวเอกอัครราชทูตตุรกีประจำนครวาติกันกลับประเทศ
ทั้งนี้ พระกระแสรับสั่งของสมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส ที่เป็นชนวนนำความโกรธเคืองมาสู่รัฐบาลและประชาชนชาวตุรกีคือ "เป็นการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ครั้งแรกของศตวรรษที่ 20"
ซึ่งการสังหารหมู่ชาวอาร์เมเนียนในปี 1915 นั้น เป็นประเด็นถกเถียงกันมายาวนาน โดยชาว อาร์เมเนียนมองว่า มีชาวคริสต์อาร์เมเนียนถูกสังหารถึง 1.5 ล้านคน โดยฝีมือของจักรวรรดิออตโตมันหรือออตโตมันเติร์ก ที่กลายมาเป็นประเทศตุรกีในปัจจุบัน ขณะที่ชาวตุรกีโต้เถียงว่าตัวเลขผู้เสียชีวิตที่กล่าวอ้างนั้นสูงเกินจริง และชนวนเหตุของการเสียชีวิตก็มาจากสงครามกลางเมือง อันเป็นผลต่อเนื่องจากสงครามโลกครั้งที่ 1.