“จอน อึ๊งภากรณ์” เกิดเมื่อวันที่ 19 ก.ย. 2490 เป็นบุตรชายคนโตของ ป๋วย อึ๊งภากรณ์ และมาการ์เร็ต อึ๊งภากรณ์ จบการศึกษาระดับปริญญาตรี วิศวกรรมไฟฟ้าอิเล็กทรอนิกส์ จากมหาวิทยาลัยซัสเซ็กส์ (Sussex) ประเทศอังกฤษ
หลังเรียนจบ จอน อึ๊งภากรณ์ เดินทางกลับมาประเทศไทย โดยเข้าทำงานเป็นอาจารย์สอนวิชาฟิสิกส์ให้กับนักศึกษาแพทย์ในมหาวิทยาลัยมหิดล เป็นเวลา 5 ปี ก่อนจะเริ่มสนใจประเด็นทางสังคมหลังเกิดสถานการณ์ทางการเมืองช่วงปี 2516-2519
โดยในช่วงเหตุการณ์ 14 ตุลาคม 2516 และ 6 ตุลาคม 2519 จอน อึ๊งภากรณ์ ต้องเดินทางไปอยู่ประเทศอังกฤษกับบิดา และร่วมกันกับบิดา น้องชาย และคนไทยในอังกฤษกลุ่มหนึ่ง จัดทำหนังสือ “มิตรไทย” เพื่อเผยแพร่ข่าวสารข้อมูลต่าง ๆ ในประเทศไทยให้กับคนไทยในต่างแดน
จากนั้น จอน อึ๊งภากรณ์ ได้เดินทางกลับประเทศไทย และก่อตั้งโครงการอาสาสมัครเพื่อสังคม ขึ้นในปี 2523 เพื่อสร้างบัณฑิตอาสาสมัคร ให้ช่วยเหลือคนยากจนในชนบท ก่อนจะจัดตั้งเป็น มูลนิธิอาสาสมัครเพื่อสังคม (มอส.) ในปี 2529 โดย จอน อึ๊งภากรณ์ ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการคนแรกของ มอส. ทำงานกับชุมชนและชนบทเป็นเวลาหลายปี
ต่อมาปี 2534 จอน อึ๊งภากรณ์ ได้ก่อตั้ง มูลนิธิเข้าถึงเอดส์ (ACESS) คอยให้คำปรึกษาแก่ผู้ติดเชื้อเอชไอวี/เอดส์ และครอบครัว เพื่อต่อสู้และสร้างความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับผู้ป่วย เนื่องจากในเวลานั้น เกิดปัญหาการรังเกียจและเข้าใจผู้ป่วยเหล่านี้ผิด
จากนั้นในปี 2543 จอนเคยได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภากรุงเทพและดำรงตำแหน่งอยู่ถึงปี 2549 โดยเป็นเลขานุการคณะกรรมาธิการการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ วุฒิสภา และเป็นประธานคณะอนุกรรมาธิการหลักประกันทางสังคมของวุฒิสภาด้วย
กระทั่งในปี 2547 จอน อึ๊งภากรณ์ และกลุ่มเพื่อน ได้ร่วมกันก่อตั้งหนังสือพิมพ์ออนไลน์ “ประชาไท” และยังร่วมก่อตั้งองค์กรภาคประชาสังคมอีกหลายองค์กรเช่น โครงการอินเทอร์เน็ตเพื่อกฎหมายประชาชน (iLaw)
จอน อึ๊งภากรณ์ ได้รับรางวัลแมกไซไซ สาขาบริการรัฐกิจ ในปี 2548 โดยเป็นรางวัลแมกไซไซสาขาเดียวกันกับที่บิดา ป๋วย อึ๊งภากรณ์ เคยได้รับเมื่อปี 2508