ทว่ายังมีเหตุรุนแรงและความสูญเสียในจุดอื่นๆ อีกนับสิบจุดใน จ.ปัตตานี ยะลา และสงขลา จากการบุกโจมตีป้อมจุดตรวจของกลุ่มวัยรุ่นและชายฉกรรจ์มุสลิมนับร้อยคนในช่วงเช้ามืดของวันนั้น ป้อมจุดตรวจแห่งหนึ่งที่ถูกโจมตีคือ "จุดตรวจกรือเซะ" ต.ตันหยงลูโละ อ.เมือง จ.ปัตตานี ซึ่งอยู่ไม่ห่างจากมัสยิด ผู้บุกรุกส่วนใหญ่มีเพียงมีด กริช และไม้ จึงมิอาจต้านทานการป้องกันและตอบโต้ของเจ้าหน้าที่ได้ กลุ่มผู้โจมตีส่วนหนึ่งวิ่งหนีเข้าไปในมัสยิดกรือเซะ หลายฝ่ายเชื่อว่ามีชาวบ้านมุสลิมที่ไม่เกี่ยวกับเหตุการณ์จำนวนหนึ่งประกอบศาสนกิจอยู่ก่อนแล้ว
เจ้าหน้าที่ปิดล้อมมัสยิดกรือเซะและเจรจาต่อรองให้กลุ่มผู้บุกรุกยอมวางอาวุธมอบตัว ขณะที่ในจุดอื่นเหตุการณ์จบลงด้วยความสูญเสียของฝ่ายผู้เข้าโจมตีเกือบทั้งหมด ทว่าการเจรจาดำเนินไปตั้งแต่เช้าถึงบ่ายก็ไม่เป็นผล จึงจบลงด้วยการที่เจ้าหน้าที่ฝ่ายความมั่นคงใช้อาวุธหนักยิงเข้าไปในมัสยิดจนมีผู้เสียชีวิตมากถึง 34 คน โดยมีรายงานจากฝ่ายเจ้าหน้าที่ว่า ระหว่างการเจรจามีการยิงออกมาจากมัสยิดจนทำให้เจ้าหน้าที่เสียชีวิตและได้รับบาดเจ็บจำนวนหนึ่ง
หลังเกิดเหตุ รัฐบาล พันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร ตั้งคณะกรรมการอิสระไต่สวนเหตุการณ์ที่มัสยิดกรือเซะ มี นายสุจินดา ยงสุนทร เป็นประธาน แม้ผลการไต่สวนจะไม่ได้สรุปว่าใครผิดหรือถูก แต่ได้ตั้งข้อสังเกตเกี่ยวกับการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่รัฐ โดยเฉพาะผู้ที่มีอำนาจสั่งการในพื้นที่ ณ ขณะนั้นไว้ตามสมควร
ประเด็นที่กลายเป็นปมค้างคาใจของครอบครัวผู้เสียชีวิตก็คือเมื่อคดีกรือเซะเข้าสู่การพิจารณาของกระบวนการยุติธรรม โดยเฉพาะขั้นตอน "ไต่สวนชันสูตรพลิกศพ" หลายกรณีที่เกิดขึ้นในวันเดียวกัน เช่น เยาวชนทีมฟุตบอลบ้านสุโสะ อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา ที่ถูกยิงเสียชีวิตถึง 19 คน สภาพศพบางคนคล้ายถูกจ่อยิงในระยะเผาขนทั้งๆ ที่ยอมให้จับกุมแล้ว หรือกรณีที่สงสัยกันว่ามีประชาชนทั่วไปที่ไม่ใช่ผู้ก่อความไม่สงบปะปนอยู่ในมัสยิดกรือเซะด้วยหรือไม่ เพราะบางคนก็อายุ 40-50 ปี แต่ประเด็นเหล่านี้กลับไม่ได้รับการพิสูจน์ให้กระจ่าง เนื่องจากอัยการมีคำสั่งไม่ฟ้องคดีทั้งหมด
คดีกรือเซะที่ขึ้นสู่ศาลมีเพียงคดีเดียว คือ คดีจับกุม นายอับดุลรอนิง เจ๊ะเลาะ จากเหตุปะทะที่สถานีตำรวจภูธรแม่ลาน จังหวัดปัตตานี โดยนายอับดุลรอนิงถูกยิงได้รับบาดเจ็บด้วย แต่เจ้าตัวอ้างว่าเขาติดไปกับกลุ่มที่ก่อเหตุโจมตีโรงพักแม่ลาน เพราะได้รับการว่าจ้างให้ขับรถไปส่งลูกจ้างกรีดยาง โดยที่ไม่รู้ว่าจุดหมายปลายทางคือการไปโจมตีโรงพัก ปัจจุบันคดีนี้ถึงที่สุดแล้ว โดยศาลฎีกาพิพากษาจำคุกตลอดชีวิต ในขณะที่การกระทำของเจ้าหน้าที่รัฐซึ่งถูกตั้งคำถาม กลับไม่ได้รับการพิสูจน์ความผิดถูกโดยกระบวนการยุติธรรม
แม้รัฐบาลพรรคเพื่อไทยได้จ่ายเงินเยียวยาอัตราใหม่ให้กับครอบครัวผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์กรือเซะ กรณี 19 ศพสะบ้าย้อย รายละ 7,500,000 บาท ส่วนจุดอื่นๆ เช่น มัสยิดกรือเซะ ทั้งประชาชนและเจ้าหน้าที่รัฐรายละ 4 ล้านบาท รวมแล้วกว่า 300 ล้านบาท แต่ดูเหมือนความรู้สึกไม่เป็นธรรมดูจะยังค้างคาใจผู้คน
