หลังมีคำสั่ง คสช. ฉบับที่ 39/2559 เรื่องการจัดระเบียบและแก้ปัญหาธรรมาภิบาลในสถาบันอุดมศึกษา หลังพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้า คสช. โดยอาศัยอํานาจตามความในมาตรา 44 เพื่อแก้ปัญหาความขัดแย้งในมหาวิทยาลัย
ด้านรองศาสตราจารย์ วีรชัย พุทธวงศ์ เลขาธิการศูนย์ประสานงานบุคลากรในสถาบันอุดมศึกษาของรัฐ มองว่า คำสั่งนี้จะทำให้วงการอุดมศึกษาเกิดความโปร่งใสมากขึ้น และทำให้การศึกษาระดับสูงมีคุณภาพมากขึ้น แต่การแก้ปัญหาอาจจะมีความล่าช้าไปบ้าง เนื่องจากคณะกรรมการการอุดมศึกษาเป็นกรรมการสภามหาวิทยาลัย
ขณะที่ พลเอกดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ระบุว่า คำสั่งดังกล่าวมีผลบังคับใช้ทันทีโดยเฉพาะกับมหาวิทยาลัยราชภัฏชัยภูมิและสุรินทร์ ซึ่งมีปัญหาขัดแย้งมานานและแก้ปัญหาไม่ได้ ส่วนมหาวิทยาลัยอื่นๆที่มีปัญหาอยู่ในปัจจุบันทางคณะกรรมการการอุดมศึกษาสามารถส่งคณะทำงานเข้าไปตรวจสอบได้ทันที และหากพบว่ามีประเด็นปัญหาที่ต้องเข้าไปควบคุมก็สามารถเสนอให้พิจารณาตั้งคณะกรรมการเพื่อแก้ปัญหาต่อไป