ผู้สื่อข่าวรายงานว่า วัดศาลามีชัยเป็นหนึ่งใน 6 วัดที่ทหารเข้าจัดระเบียบ เพราะได้รับแจ้งจากพระราชปริยัติเวที เจ้าคณะจังหวัดนครศรีธรรมราช ว่ามีกลุ่มอิทธิพลเข้าทำหน้าที่เรียกรับผลประโยชน์จากพื้นที่วัด
โดยทางด้านนางบุญรวย ดีหนู ผู้เช่าแผงค้ามานานกว่า 30 ปี เปิดเผยว่า วัดนี้มีผลประโยชน์เข้ามาหลายทาง เฉพาะค่าเช่าแผงร้านค้าหลังวัดทุกวันเสาร์และอาทิตย์ ประมาณ 200 แผง จ่ายขั้นต่ำแผงละ 10-60 บาท และยังเก็บค่าแผงร้านค้าวันอังคาร ที่ใช้พื้นที่ในวัดทั้งหมดรวมกับแผงหลังวัด ขั้นต่ำ 15-60 บาท ซึ่งมีมากกว่า 1,000 แผง
พ.อ.มีชัย ไทรงาม หัวหน้ากองยุทธการ มทบ.41 เปิดเผยถึงกรณีนี้กับทางผู้สื่อข่าวพีพีทีวีว่า วัดศาลาศัย ไม่มีกรรมการและบัญชีวัด มีแต่บัญชีของผู้เรียกเก็บผลประโยชน์จากวัด หรือไวยาวัจกรที่ถูกแต่งตั้งไม่สมบูรณ์ เพราะยังไม่ถูกรับรองจากเจ้าคณะอำเภอ ซึ่งไม่ยอมนำบัญชีตัวเองเปิดเผยกับทหาร ส่วนเจ้าอาวาสวัดที่ป่วย อ้างไม่ทราบว่ามีปัญหาเช่นนี้เกิดขึ้น พร้อมทั้งยืนยันไม่มีการเก็บค่าเช่าร้านค้าหลังวัด ส่วนพื้นที่ดังกล่าวเป็นของทางวัดจริง
ทั้งนี้เจ้าหน้าที่ทหารกับเจ้าคณะจังหวัด กำลังวางแนวทางแก้ปัญหาร่วมกัน คือ ให้ร้านค้าทุกแผงลงบัญชีรายชื่อเป็นร้านค้าของวัด พร้อมกับเขียนสัญญาเช่าใหม่ และเตรียมตั้งไวยาวัจกรวัด กรรมการวัด พร้อมทั้งเจ้าอาวาสวัดคนใหม่ และเจ้าคณะจังหวัดยังเสนอตั้งกองทุนสวัสดิการวัดประจำจังหวัด ให้วัดต่างๆที่มีรายได้จากผลประโยชน์เข้าวัด ร่วมบริจาค ปีละ 5% เพื่อนำไปช่วยพระสงฆ์ที่ป่วยและเสียชีวิต พร้อมกับช่วยอุดหนุนวัดที่ขาดแคลนทรัพย์