พลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ปฎิบัติงานวันแรก เวลา 09.20 น. หลังหยุดปฏิบัติหน้าที่ ตามคำสั่งศาลรัฐธรรมนูญ โดยเดินทางมากระทรวงมหาดไทยเป็นประธานการประชุมการบริหารจัดการสถานการณ์อุทกภัย และให้ความช่วยเหลือประชาชนที่ได้รับผลกระทบ จากน้ำท่วมผ่านระบบ conference ร่วมกับผู้ว่าราชการจังหวัดและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั่วประเทศ
เมื่อผู้สื่อข่าว สวัสดีทักทาย นายกรัฐมนตรี ได้รับไหว้ผู้สื่อข่าว ก่อนจะโบกมือ ซึ่งเป็นที่น่าสังเกตว่า นายกรัฐมนตรีมีท่าทีกระฉับกระเฉง ต่างจากก่อนหน้านี้ ที่ศาลรัฐธรรมนูญให้หยุดปฎิบัติหน้าที่
ขณะที่ในวันพรุ่งนี้ พลเอกประยุทธ์ และคณะจะเดินทางไป ตรวจเยี่ยมสถานการณ์น้ำท่วมและการดูแลเยียวยาช่วยเหลือประชาชน ที่จังหวัดขอนแก่นและอุบลราชธานี โดยเลื่อนการประชุมคณะรัฐมนตรีเป็นวันพุธที่ 5 ตุลาคม
โดยระหว่างการประชุม พลเอกประยุทธ์ กว่าวว่า ได้ติดตามสถานการณ์อย่างต่อเนื่อง ซึ่งทราบว่ายังมีผลกระทบมากพอสมควร และทุกหน่วยงานได้พยายามทำงานอย่างเต็มที่ ภายใต้ ศูนย์บรรเทาภัยพิบัติแห่งชาติ โดยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย เป็นประธาน โดยรัฐบาลมีความห่วงใย ประชาชนทั่วประเทศ ทุกฝ่ายทุกอาชีพ ทราบว่าทุกคนเดือดร้อน และรัฐบาลไม่ได้นิ่งนอนใจ
พลเอกประยุทธ์ ได้กล่าวขอบคุณ พลเอกประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี ได้ลงพื้นที่ตรวจเยี่ยมประชาชนที่จ.ชัยนาท และ จ.อยุธยา ซึ่งเป็นการทำงานร่วมกันของรัฐบาล วันนี้จึงอยากจะรับทราบสถานการณ์ในระยะเวลาต่อไป และการบริหารจัดการ
การคาดการณ์ต่างๆ ที่จะเกิดขึ้น รัฐบาลจะได้เตรียมวางแผน ความพร้อม ในเรื่องการดูแลเยียวยา และสนับสนุนในเรื่องที่ยังเป็นปัญหาอุปสรรคต่างๆ ให้ทุกหน่วยงานได้ทำงานร่วมกัน ทั้งนี้ อยากขอให้กำลังใจไปยังประชาชนในทุกพื้นที่ที่ได้รับความเดือดร้อน และขอบคุณผู้ว่าราชการจังหวัดทุกจังหวัด