ข้อโต้แย้ง ของวัดพระธรรมกายต่อ “หมายจับ” ของดีเอสไอ ซึ่งกลุ่มศิษย์วัดพระธรรมกาย โต้แย้งข้อกล่าวหา โดยอ้างว่า ดีเอสไอ ที่อยู่ในฐานะพนักงานสอบสวน ไม่น่าจะมีอำนาจทำคดีนี้ เพราะเป็นอำนาจของพนักงานอัยการไปแล้ว แต่ดีเอสไอ ก็ตอบกลับมาชัดเจนว่า การดำเนินการทั้งหมด ทำร่วมกับพนักงานอัยการ และหากศิษย์วัดพระธรรมกายจะฟ้องร้อง ก็คงต้องเตรียมรับสิ่งที่ดีเอสไอจะทำต่อไป เพื่อปกป้อง ดีเอสไอ
ส่วนประเด็น เวชระเบียน ดีเอสไอ เห็นว่า ไม่สอดรับกับภาพที่ปรากฏจริง แม้ทางวัด จะอ้างว่า หนึ่งในนั้นคือ โรงพยาบาลของรัฐ เมื่อดูชื่อจะพบว่าโรงพยาบาลค่ายภาณุรังสี จ.ราชบุรี ทีมข่าวตรวจสอบพบว่า โรงพยาบาลนี้ เป็นโรงพยาบาลทหาร อยู่ในค่ายทหาร และแพทย์ก็เป็นแพทย์ทหาร และน่าสนใจว่า หากมีใบเวชระเบียนจากโรงพยาบาลนี้จริง ต้องเดินทางไปตรวจอาการที่จังหวัดราชบุรีหรือไม่ หากไม่เป็นเช่นนั้น ก็หมายความว่า มีแพทย์คนใดคนหนึ่ง มาตรวจที่วัดพระธรรมกาย
ประเด็นสำคัญอีกประเด็นหนึ่ง ที่วัดพระธรรมกาย ตั้งคำถามมาตลอด คือ ทำไม ดีเอสไอ ไม่เข้าไปตรวจอาการอาพาธที่วัด หรือเข้าไปแจ้งข้อกล่าวหาที่วัด ประเด็นนี้ถือว่า ค่อนข้างแหลมคม แหล่งข่าวในดีเอสไอ บอกว่าหากเจ้าพนักงานดีเอสไอ เข้าไปที่วัด มีความเสี่ยงสูง ที่จะทำให้เกิดเงื่อนไขอื่นที่ควบคุมได้ยาก เช่น อาจต้องเผชิญหน้ากับมวลชนจำนวนมาก อาจเสี่ยงเกิดการกระทบกระทั่ง ดังนั้นการไปที่วัด จึงไม่ใช่ทางเลือกที่ดี การใช้ขั้นตอนตามกฎหมายที่สามารถทำได้อยู่แล้ว
คำถามที่ตามมา คือ ถ้าดีเอสไอ กังวลต่อปัญหาด้านมวลชน การออกหมายจับจะมีความหมายอะไรเมื่อไม่สามารถเข้าไปจับกุมได้
เมื่อพิจารณาตามขั้นตอนทางกฎหมายแล้ว จะพบว่า เมื่อศาลอนุมัติหมายจับ ดีเอสไอเองก็แถลงออกมาว่า พร้อมจะให้พระธัมมชโย ประกันตัวไปสู้คดี ซึ่งถือว่าเป็นวิธีการที่ประนีประนอมพอสมควร และในระหว่างนี้ ยังสามารถสรุปสำนวนคดีส่งให้อัยการไปก่อน
แต่ปัญหาที่จะเกิดขึ้นแน่นอน คือ ขั้นตอนการส่งฟ้องจำเป็นต้องนำผู้ต้องหามาแสดงตัว ดังนั้น ถ้าผู้ต้องหาไม่มามอบตัว และเจ้าหน้าที่เข้าจับกุมไม่ได้ ก็ส่งฟ้องไม่ได้ แต่ในกระบวนการเหล่านี้ ยังมีหลายวิธีการ เช่นใช้มาตรการกดดันทางสังคม เรียกร้องความชอบธรรม เรียกร้องให้เคารพกฎหมาย หรือแม้แต่ส่งเรื่องไปที่มหาเถระสมาคมให้พิจารณาบางอย่าง
แม้ว่าในหลักการ หากผู้ต้องหาไม่เข้ามอบตัวตามหมายจับ เจ้าพนักงานจะมีอำนาจดำเนินการด้วยมาตรการที่เข้มข้นขึ้นเรื่อยๆ ไปจนถึงการใช้กำลังเจ้าหน้าที่ แต่หลายฝ่ายเชื่อว่า ดีเอสไอ จะไม่ใช้วิธีนี้