จากเหตุการณ์ที่ผู้ตัดสิน สมพงษ์ ไกรเนตร ถูกทำร้ายจากการทำหน้าที่ตัดสินเกมดิวิชั่น 1 ที่ขอนแก่น ยูไนเต็ด พบ อ่างทองเอฟซี จากการสอบสวนของสมาคมกีฬาฟุตบอล เห็นว่า หลักฐานการทำร้ายผู้ตัดสินสรพงษ์ เชื่อมโยงกับสโมสรขอนแก่น ยูไนเต็ด สร้างความเสื่อมเสียให้กับสมาคมกีฬาฟุตบอลอย่างร้ายแรง สภากรรมการจึงมีมติ ระงับสมาชิกภาพของสโมสรขนแก่นยูไนเต็ด และห้ามมิให้ผู้บริหารขอนแก่น ยุ่งเกี่ยวกับฟุตบอลที่จัดโดยสมาคมกีฬาฟุตบอล พร้อมยกเลิกผลการแข่งขันเกมที่ ขอนแก่นยูไนเต็ด แข่งมาทั้งหมด ทำให้ดิวิชั่น 1 ปีที่ผ่านมาไม่มีการตกชั้น...แม้ ขอนแก่นยูไนเต็ดจะพยายามเรียกร้องความยุติธรรมแต่ยังไม่เป็นผล...ถือเป็นการลงโทษหนักที่สุดในปีที่ผ่านมา
เหตุการณ์ที่น่าเศร้าที่สุด เพราะเป็นการเกิดขึ้นซ้ำซาก คือการก่อจลาจลของแฟนบอลเอสซีจีเมืองทอง กับ การท่าเรือ ในเกมลีกคัพรอบรองชนะเลิศนัดที่ 2 โดยหลังเกมแฟนบอลทั้ง 2 ทีมปะทะกันนอกสนาม จนมีผู้ได้รับบาดเจ็บหลายราย ช่วงแรกเจ้าหน้าที่ สภ.ปากเกร็ด พยายามเข้าควบคุมสถานการณ์แต่ต้องใช้เวลานานกว่า 1 ชั่วโมง สถานการณ์จึงจะคลี่คลาย
หลังจากนั้นมีบทลงโทษของทั้ง 2 ทีม แฟนบอลเมืองทอง กับการท่าเรือถูกห้ามเข้าชมเกมทั้งทีมเหย้า และเยือน ฤดูกาลหน้าหากเมืองทอง กับการท่าเรือ ต้องเจอกันในไม่ว่ารายการใด ต้องเล่นแบบไม่มีคนดู แถมลงโทษปรับเงินสโมสรทีมละ 133,333 บาท และห้ามสนามเอสซีจีสเตเดี้ยมใช้เป็นสนามเหย้า 5 นัด รวมไปถึงในปีหน้าด้วย
ยังมีเหตุการณ์ที่งงที่สุดของฟุตบอลลีก เมื่อสมาคมกีฬาฟุตบอลประกาศยุติเกมลีกทุกรายการในประเทศ เพื่อเป็นการถวายความอาลัยแด่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช โดยใช้ตารางคะแนน ณ วันที่ประกาศยุติเป็นตัวตัดสิน จึงทำให้ เอสซี่จีเมืองทองคว้าแชมป์ไทยลีกไปครอง แต่ที่สำคัญทีมที่ลุ้นหนีการตกชั้น ที่ยังขับเคี่ยวกันอยู่หลายทีม มี 2 ทีที่ต้องตกชั้นไปเล่น ดิวิชั่น 1 และเมื่อประกาศยกเลิกเกมลีก ทำให้ ชัยนาท กับ อาร์มี่ ที่ยังลุ้นหนีการตกชั้น ต้องกลายเป็นทีมที่ตกชั้นโดยปริยาย ท่ามกลางการประท้วงของทั้ง 2 ทีม มีการยื่นร้องเรียนต่อการกีฬาแห่งประเทศไทย ที่สั่งให้ สมาคมกีฬาฟุตบอลจัดประชุมใหญ่วิสามัญ พิเศษเพื่อโหวตกรณีการตกชั้นของชัยนาท กับ อาร์มี่ แต่สมาคมกีฬาฟุตบอล ยังไม่ยอมจัด พร้อมกับการพูดเปรยๆของนายกสมาคมกีฬาฟุตบอลว่า กกท.มีสิทธิ์อะไรมาสั่ง นี่เป็นมหากาพย์ที่ต้องมาภาคต่อในปีหน้า
แต่สิ่งที่พีคที่สุดในวงดารฟุตบอลหลังจากประกาศยุติฟุตบอลลีกในประเทศทุกรายการ เกี่ยวโยงไปถึง ฟุตบอลถ้วย เอฟเอคัพ กับ ลีกคัพ ที่ยังแข่งไม่จบด้วย ดังนั้น ผู้บริหารสมาคมกีฬาฟุตบอล ยุค แฟร์ ตัดสินใจ ใช้วิธีจับสลาก !!!!
ฟุตบอลถ้วยเอฟเอคัพ มีแชมป์ร่วมมากที่สุก 4 ทีม ประกอบด้วย สุโขทัย, ชลบุรี, ราชบุรีมิตรผล, ชัยนาทฮอร์นบิล แต่มีทีมเดียวที่ได้สิทธิ์ไปเล่น AFC แชมเปี้นยนส์ลีกรอบเพลย์ออฟรอบ 2 คือ สุโขทัย ที่จับสลากได้
ขณะที่ฟุตบอลลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 แข่งถึงรอบ 4 ทีมสุดท้าย ต้องจับสลากหาทีมเลื่อนชั้นขึ้นมาเล่น ดิวิชั่น 1 ทั้งหมด 3 ทีม จาก 4 ทีม โดยทีมที่จับสลากได้คือ ตราด เอฟซี, เกษตรศาสตร์ เอฟซี, หนองบัว พิชญ เอฟซี ส่วนทีม สุราษฎร์ธานี เอฟซี น้ำตานองหน้าอกหักจับสลากได้กลับลงไปเล่นใน ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ตามเดิม
สิ่งที่เซอร์ไพร์ส ที่สุดในฟุตบอลลีกเมืองไทยปีนี้ คือ การปรับโครงสร้างบอลลีกทั้งหมด โดยเพิ่มลีกแชมเปี้ยนชิพ เข้ามา มีทีมแข่งขัน 32 ทีม แบ่งเป็น 2 โซน แถมยังมีลีกภูมิภาคที่จะมีไม่เกิน 64 ทีม และลีกล่างที่สุดเป็น ดิวิชั่น 3 ซึ่งเป็นลีกที่รวมทีม ถ้วย ข ค ง มาลงแข่งขัน แต่ยังมีการฟ้องร้องจาก นายภีมเดช อมรสุคนธ์ ประธานสโมสรทีเอ เบญจมราชูทิศ ที่ไล่ฟ้องร้องถึง 3 ศาล