วัดพนัญเชิงวรวิหาร เป็นวัดที่ได้รับจัดสรรงบประมาณจากสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติมากที่สุดจากจำนวน 12 วัดที่ถูกเปิดเผยรายชื่อออกมา รวมเป็นเงิน 20 ล้านบาท แต่จนถึงวันนี้ยังไม่มีตัวแทนจากวัดออกมาชี้แจงว่านำเงินส่วนนี้ไปใช้ในการสร้างศาสนสถานใด รวมถึงเจ้าอาวาสยังคงเก็บตัวไม่ออกมาให้ข้อเท็จจริงเพิ่มเติม
ทีมข่าวพีพีทีวีลงพื้นที่วัดพนัญเชิงวรวิหารได้มีการสังเกตพบว่า กุฏิของพระธรรมรัตนมงคล เจ้าอาวาสวัดพนัญเชิงวรวิหาร รวมถึงสำนักเจ้าคณะจังหวัดพระนครศรีอยุธยาปิดเงียบ ไม่มีคนเข้ามาปฏิบัติงาน โดยเจ้าหน้าที่ในวัดให้ข้อมูลกับทีมข่าวเพียงว่า เจ้าอาวาสไม่อยู่ ออกไปปฏิบัติศาสนกิจตั้งแต่เวลา 6.00 น. มีเพียงแม่บ้านและเจ้าหน้าที่บางส่วนที่มาทำความสะอาดและดูแลความเรียบร้อยอยู่ด้านหลังกุฏิ
จากการสำรวจรอบบริเวณวัดพบว่า มีหลายจุด หลายอาคารในวัดที่ยังอยู่ระหว่างบูรณะปฏิสังขรณ์ซ่อมแซม พบร่องรอยการรื้อถอนไม้และชิ้นส่วนอาคารเดิม เพื่อซ่อมแซมใหม่ มีเศษไม้ ท่อนไม้จำนวนมากที่กองรวมกันไว้ด้านหลังวัด ใกล้กับส่วนที่เป็นกุฏิพระสงฆ์ ศาสนสถานจุดสำคัญคือหอสมุด ศาลาและระเบียงรอบพระวิหารหลวงพ่อโต พบว่าขณะนี้ยังมีคนงานทำงานก่อสร้างอยู่
สำหรับวัดพนัญเชิงวรวิหาร เป็นวัดแห่งเดียวในจังหวัดพระนครศรีอยุธยาที่ถูกเปิดเผยข้อมูลว่าเป็น 1 ใน 12 วัดที่กองบังคับการปราบปรามการกระทำความผิดเกี่ยวกับการทุจริตและประพฤติมิชอบตรวจสอบพบว่า ได้ทำเรื่องของบประมาณสนับสนุนการก่อสร้างวัดตั้งแต่ปี 2557-2558 รวม 20 ล้านบาท แต่ใช้จริงเพียง 7 ล้าน และได้จ่ายเงินคืนกลับไปที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติถึง 13 ล้านบาท หลังจากนี้ต้องรอให้วัดออกมาชี้แจง ให้ความชัดเจนว่า นำเงินงบประมาณจากสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติไปใช้สร้างศาสนสถานใด และใช้งบประมาณไปเท่าไหร่