เมื่อวันที่ (17 ม.ค. 61) ผู้สื่อข่าวรายงานว่า พรรคเพื่อไทย มอบหมายฝ่ายกฎหมาย เดินทางส่งคำร้อง ศาลรัฐธรรมนูญ และ สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน วินิจฉัยการใช้อำนาจของหัวหน้า คสช. ออกคำสั่ง 53/2560 แก้ไขกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง พ.ศ.2560 ซึ่งเนื้อหาเป็นการรีเซ็ตสมาชิกพรรค โดยให้สมาชิกเดิมทั้งหมด ต้องส่งหนังสือยืนยันการเป็นสมาชิกกับหัวหน้าพรรคการเมืองใหม่ โดย พรรคเพื่อไทย มองว่า เป็นการจำกัดสิทธิเสรีภาพ และเป็นการใช้อำนาจรัฏฐาธิปัตย์โดยมิชอบ เพราะเป็นการลบล้างกระบวนการ ตรากฎหมายที่ถูกต้องตามรัฐธรรมนูญ
นายชูศักดิ์ ศิรินิล ประธานคณะทำงานฝ่ายกฎหมายพรรคเพื่อไทย กล่าวว่า คำชี้แจงฝ่ายกฎหมายรัฐบาล ที่คำสั่ง มาตรา 44 ชอบด้วยรัฐธรรมนูญ เป็นความต้องการจากฝ่ายรัฐที่ไม่ต้องการให้ยื่นศาลรัฐธรรมนูญ ตีความในเรื่องนี้ พร้อมยืนยันว่าการออกคำสั่ง คสช. ดังกล่าว อาจก่อให้เกิดความไม่เสมอภาค และเป็นการเลือกปฏิบัติ อาจส่งผลกระทบทางกฎหมายในเวลาต่อมาได้
ส่วนกรณีที่ศาลรัฐธรรมนูญ รับคำร้อง และคำสั่ง คสช. ถูกตีตก จะติดกรอบเวลากฎหมายพรรคการเมืองเดิม จนเกิดปัญหาเรื่องสถานภาพพรรคการเมืองหรือไม่ นายชูศักดิ์ ระบุว่า เรื่องนี้ผู้เกี่ยวข้องต้องรับผิดชอบแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้น