จากกรณีที่มีประชาชนร้องเรียนปัญหาโครงการรถยนต์คันแรก หลังจากครอบครองเกินระยะเวลา 5 ปี ตามหลักเกณฑ์ของโครงการแล้ว แต่ปรากฏว่ากรมการขนส่งทางบกแจ้งว่าไม่สามารถทำการโอนรถได้ เนื่องจากข้อมูลในระบบคอมพิวเตอร์แจ้งว่ารถคันดังกล่าวถูกกรมสรรพสามิตระงับการโอนสิทธิไว้ เพราะอยู่ระหว่างการตรวจสิทธิว่าดำเนินการตามเงื่อนไขหรือไม่
ล่าสุด นายพรชัย จำรูญพาณิชย์กุล รองผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน รักษาการผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน หรือ สตง. ยืนยันว่า สตง.ไม่ได้มีการอายัดรถยนต์ที่เข้าร่วมใช้สิทธิในโครงการรถยนต์คันแรกตามที่เป็นข่าวว่า สตง.มีการอายัดรถไว้ 1 แสนคัน ทำให้ไม่สามารถโอนทะเบียนรถที่กรมการขนส่งทางบกได้ แต่ระบุว่า สตง.ได้มีการสุ่มตรวจผู้ขอใช้สิทธิตั้งแต่ปี 2558 ประมาณ 4,000 ราย พบว่ามีผู้ไม่เข้าข่าย หรือ ไม่ผ่านหลักเกณฑ์ประมาณ 1,000 ราย เช่น ยื่นเอกสารล่าช้ากว่ากำหนด และอายุไม่ถึงเกณฑ์ จึงได้มีข้อเสนอแนะให้กรมสรรพสามิตเข้าไปตรวจสอบผู้ที่ทำผิดเงื่อนไขแล้วตั้งแต่ปี 2559 โดยข้อมูลล่าสุดที่กรมสรรพสามิตรายงานเข้ามาที่ สตง. เมื่อเดือนสิงหาคม 2560 ระบุว่า ยังเหลือการตรวจสอบสิทธิของผู้เข้าร่วมโครงการประมาณ 100,000 ราย จากทั้งหมดที่ยื่นขอให้สิทธิรวมกว่า 1,250,000 ราย สำหรับคนที่จะไปโอนทะเบียนรถหลังจากถือครองรถยนต์ครบ 5 ปี และมีการผ่อนชำระครบแล้วจะต้องติดต่อไปยังกรมสรรพามิตเองว่ายังติดขัดในเรื่องใด ขณะที่ผู้ที่ไม่ผ่านเงื่อนไขและได้รับเช็คเงินคืนภาษีไปแล้ว จะต้องนำเงินมาส่งคืนเท่ากับจำนวนที่ได้รับไปก่อนหน้านี้ คือ 100,000 บาท
นอกจากนี้ นายพรชัย ระบุว่า ในช่วงที่เปิดให้ประชาชนได้ใช้สิทธิร่วมโครงการรถยนต์คันแรก มีผู้สนใจเข้าร่วมเป็นจำนวนมาก และอยู่ในช่วงท้ายของโครงการ จึงอาจจะทำให้เจ้าหน้าที่ตรวจสอบเอกสารผิดพลาด จึงขอให้กรมสรรพสามิตเร่งตรวจสอบสิทธิผู้ที่ยังคงค้าง และแก้ไขฐานข้อมูลที่เชื่อมกับกรมการขนส่งทางบกเพื่อให้ผู้ผ่านเกณฑ์สามารถโอนทะเบียนรถได้หลังครบอายุถือครองรถยนต์ 5 ปี และผ่อนชำระหมดแล้ว
ด้าน นายกฤษฎา จีนะวิจารณะ อธิบดีกรมสรรพสามิต เปิดเผยว่า รถที่เข้าโครงการรถยนต์คันแรกที่อยู่ระหว่างตรวจสอบ คาดว่ามีประมาณ 40,000 คัน ซึ่งบางรายเป็นเรื่องกระบวนการเอกสารที่มีความล่าช้า ขณะที่บางรายทำผิดเงื่อนไข เช่น มีการเปลี่ยนมือเจ้าของรถก่อน หรือ ขายก่อน 5 ปี ซึ่งย้ำว่าส่วนนี้จะต้องนำเงินภาษีมาคืน แต่ส่วนที่ล่าช้าในขั้นตอนยื่นเอกสารตามหลักเกณฑ์มีการผ่อนปรนให้ 90 วัน ต้องไปตรวจสอบข้อเท็จจริงอีกครั้งดำเนินการตามระยะเวลาที่กำหนดหรือไม่