สำนักจุฬาราชมนตรีได้กำหนดให้ วันที่ 12 กันยายน 2559 เป็นวันฮารีรายอ อีดิลอัฏฮา เพื่อเป็นการเฉลิมฉลองให้กับผู้ที่ไปแสวงบุญที่ประเทศซาอุดีอาราเบีย ทำให้บรรยากาศในช่วงเช้าตามมัสยิดต่าง ๆ ชาวไทยมุสลิม ร่วมละหมาดเนื่องในวันฮารีรายออิดิลอัฏฮา กันอย่างเนืองแน่น
ที่จังหวัดปัตตานี องค์การบริหารส่วนจังหวัดปัตตานีได้จัดพิธีละหมาดวันฮารีรายออิดิ๊ลอัฏฮา กลางแจ้ง บริเวณสนามกีฬาองค์การบริหารส่วนจังหวัดปัตตานี ท่ามกลางบรรยากาศยามเช้า โดยมีชาวไทยมุสลิม เดินทางมาร่วมละหมาดกันเป็นครบครัว สำหรับพิธีละหมาดวันฮารีรายออีดิลอัฎฮา ถือเป็นศาสนกิจที่สำคัญที่สุด ซึ่งมุสลิมทุกเพศทุกวัยจะต้องไปร่วมกันละหมาดที่มัสยิดใกล้บ้านหรือในสถานที่ ที่จัดไว้ เมื่อพิธีละหมาดเสร็จสิ้น โต๊ะอิหม่าม ก็จะบรรยายธรรม ท่ามกลางการรักษาความปลอดภัยของเจ้าหน้าที่อย่างเต็มกำลัง
ส่วนที่จังหวัดพิษณุโลก พี่น้องชาวมุสลิมที่พักอาศัยอยู่ภายในจังหวัดพิษณุโลก ได้มาร่วมกันฟังเทศน์และร่วมกันละมาด เนื่องในวันฮารีรายอ ที่มัสยิดปากิสตาน พิษณุโลก เพื่อขอพร พร้อมทั้งขออภัยโทษในความผิดบาปต่างๆ นานาด้วย ทั้งนี้ มุสลิมส่วนใหญ่มักจะนิยมเดินทางกลับภูมิลำเนาของตนเองเพื่อเฉลิมฉลองร่วมกับครอบครัว และญาติพี่น้อง รวมทั้งเพื่อขอขมาลาโทษซึ่งกันและกัน
การเดินรถไฟในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ตั้งแต่สถานีรถไฟชุมทางหาดใหญ่จนถึงสถานีรถไฟสุไหงโก-ลก จ.นราธิวาส ทั้งขาขึ้นและขาล่องกลับมาให้บริการตามตารางเดินรถปกติแล้วทุกขบวน หลังจากเจ้าหน้าที่ซ่อมรางรถไฟที่ได้รับความเสียหาย จากเหตุลอบวางระเบิดขบวนรถไฟในพื้นที่อ.โคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี
โดยบรรยากาศที่สถานีรถไฟชุมทางหาดใหญ่มีผู้โดยสารบางตา เนื่องจากชาวไทยมุสลิมในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ส่วนใหญ่เดินทางกลับไปร่วมเทศกาลฮารีรายอล่วงหน้า
ส่วนมาตรการรักษาความปลอดภัยการเดินรถไฟในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้มีความเข้มข้นขึ้น มีกำลังเจ้าหน้าที่ประจำบนขบวนรถ 12 นาย เป็นอส.10 นายและตำรวจรถไฟ 2 นาย พร้อมกับมีการจัดกำลังเจ้าหน้าที่ทหารลาดตระเวนเส้นทางรถไฟในจุดเสี่ยงก่อนที่จะเปิดเดินรถเที่ยวแรกทั้งขาขึ้นและขาล่อง รวมทั้งประสานมวลชนในพื้นที่ตลอดแนวเส้นทางรถไฟเข้ามาช่วยดูแลความปลอดภัยด้วย