หลังหัวหน้าคสช.ออกคำสั่งที่ 12/2560 ปลดนายพนม ศรศิลป์ ออกจากตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ และให้ พ.ต.ท. พงศ์พร พราหมณ์เสน่ห์ ผู้บัญชาการสำนักงานภาษีอากร กรมสอบสวนคดีพิเศษ ดำรงตำแหน่งแทน พ.ต.ต.วรณัน ศรีล้ำ รองโฆษกกรมสอบสวนคดีพิเศษ ปฏิเสธว่า ไม่รู้เหตุผลถึงที่มาของคำสั่งนี้ แต่ยอมรับว่า จะทำให้การประสานงานระหว่างดีเอสไอกับสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติดีขึ้น
ด้าน พล.ท.สรรเสริญ แก้วกำเนิด โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ชี้แจงสาเหตุที่นายกรัฐมนตรีในฐานะหัวหน้าคสช. ออกคำสั่งนี้ว่า เป็นไปเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ที่ต้องทำงานตอบสนองทั้งคณะสงฆ์และรัฐ ส่วนคำวิจารณ์เรื่องคุณสมบัติของผู้ที่จะมาดำรงตำแหน่งแทน ไม่มีประสบการณ์ด้านงานศาสนา พล.ท.สรรเสริญ ระบุว่า ไม่ใช่ปัญหา เพราะในทางปฏิบัติ มีรองผู้อำนวยการและหัวหน้างานระดับจังหวัดคอยช่วยทำงาน
สำหรับ พ.ต.ท.พงศ์พร พราหมณ์เสน่ห์ ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาคนใหม่ คือหนึ่งในเจ้าหน้าที่กรมสอบสวนคดีพิเศษ ที่อยู่ในชุดพูดคุยประสานงานให้พระธัมมชโยเข้ามอบตัว ผ่านการเจรจากับเจ้าคณะจังหวัดปทุมธานีและสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ แต่ไม่สำเร็จ