การตรวจสอบเรื่องนี้เบื้องต้นของสหภาพแรงงานรัฐวิสาหกิจการรถไฟแห่งประเทศไทย พบว่า ช่วงนี้เป็นช่วงดำเนินโครงการปรับปรุงซ่อมแซมทางรถไฟสายใต้จริง โดยมีพื้นที่ดำเนินการระหว่างสถานีตาแปด ถึง สถานีนาประดู่ โดยตามข้อมูลสถานีรถไฟปัตตานีก็อยู่ในเส้นทางนี้
นายอำพล ทองรัตน์ รักษาการประธานสหภาพแรงงานรัฐวิสาหกิจรถไฟแห่งประเทศไทย ระบุว่า พนักงานรถไฟในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ จะมีระเบียบข้อบังคับแตกต่างจากสถานีอื่น คือ จะมีนายสถานีทำหน้าที่ควบคุมการทำงานเพียงคนเดียว เพราะรถที่วิ่งในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนใต้ จะวิ่งในเวลา 06.00 – 18.00 น. จึงไม่จำเป็นต้องมีหลายคน ส่วนหนึ่งเพื่อความปลอดภัยของพนักงานรถไฟในพื้นที่เสี่ยง กรณีนายสถานีรถไฟปัตตานี ที่ทำงานติดต่อ 24 ชั่วโมงหลายวัน และเบิกค่าล่วงเวลากว่า 1 แสนบาท ที่ระบุว่าต้องควบคุมผู้รับเหมาซ่อมแซมรางรถไฟในช่วงกลางคืน จะต้องมีเอกสารขออนุญาตทำงาน และขอเบิกเงินล่วงเวลา ส่งมาขออนุมัติจากฝ่ายปฏิบัติการเดินรถก่อนจะเริ่มปฏิบัติงาน เพราะตามข้อกำหนดของการรถไฟแล้ว การเบิกเงินล่วงเวลา ต้องได้รับการยินยอมเป็นลายลักษณ์อักษรก่อนทุกครั้ง ไม่เช่นนั้นจะไม่สามารถเบิกเงินได้ แนวทางการตรวจสอบเรื่องนี้ จึงต้องดูว่ามีเอกสารขอทำงานและเบิกเงินล่วงเวลาหรือไม่
นอกจากการตรวจสอบเฉพาะหน้า สหภาพแรงงานรัฐวิสาหกิจการรถไฟแห่งประเทศ เรียกร้องให้สังคมมองเรื่องนี้ในเชิงระบบด้วย โดยนับตั้งแต่วันที่ 28 กรกฎาคม 2541 ที่มีมติคณะรัฐมนตรีกำหนดเป็นแนวปฏิบัติให้รัฐวิสาหกิจทุกแห่ง หากมีพนักงานเกษียณอายุราชการและเป็นตำแหน่งไม่จำเป็นให้ยุบเลิก โดยการรับพนักงานใหม่ทดแทน อนุญาตให้รับได้ไม่เกินร้อยละ 5 ของจำนวนผู้เกษียณอายุ อย่างเช่น การรถไฟฯ มีพนักงานเกษียณปีละประมาณ 400 คน ก็จะสามารถรับคนใหม่ได้เพียง 20 คน
นับจากนั้นทำให้การรถไฟฯมีปัญหาเรื่องบริหารอัตรากำลัง โดยเฉพาะตำแหน่ง นายสถานี พนักงานขับรถ พนักงานควบคุมการเดินรถ ทั้งหมดเป็นส่วนงานที่ต้องแบกรับชั่วโมงการทำงานสูงจนทำให้มีการเบิกค่าล่วงเวลาจำนวนมาก ไม่สอดคล้องคุณภาพชีวิตแรงงานที่ควรได้รับ